化学清洗(如集装箱装运货物为环氧树脂、环氧氯丙烷等货物的清洗)、人工、机械清洗(如集装箱装运货物为硅溶胶等货物的清洗)、蒸汽清洗(如集装箱装运货物为食品级酒精等货物的清洗)、混合清洗(如集装箱装运货物为乳胶等货物的清洗)。选择正确的清洗方法可以节约成本、特种集装箱降低产生废液对环境的污染、减少因清洗方法不当造成对箱体的损伤。同时，在集装箱的清洗过程中势必存在健康、环保、安全的问题，如清洗过程中货物残液的收集处理、废气的收集处理、清洗产生的废液收集处理、清洗过程的监管、清洗质量的检测。这些都是人们需要关注的问题。
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